Certifique-se que seu port honors WRKDIRPREFIX. A maioria dos ports não têm que preocupar-se sobre isto. Em particular, se você está referindo a um WRKDIR de um outro port, note que a posição correta é WRKDIRPREFIXPORTSDIR/subdir/name/work not PORTSDIR/subdir/name/work ou .CURDIR/../../subdir/name/work or some such.
Também, se você está definindo WRKDIR você mesmo, certifique-se que você prepend ${WRKDIRPREFIX}${.CURDIR} in the front.