Não escreva qualquer coisa aos arquivos do lado de fora do WRKDIR. WRKDIR é o único lugar que é garantido para ser gravável durante a construção do port (veja compilando ports do CDROM para um exemplo de construção de ports de uma arvore somente-leitura). Se você necessitar modificar um dos arquivos pkg-*, faça assim redefinindo a variável, não escrevendo sobre ele.