Se seu port necessita alguns arquivos de configuração no PREFIX/etc, do not just instale-os e liste-os no pkg-plist. Aquilo fará pkg_delete(1) apagar arquivos cuidadosamente editados pelo usuário e uma nova instalação para wipe them out.
Ao invés, instale arquivos de exemplos com um sufixo (filename.sample funcionará bem) e imprima uma mensagem indicando out que o usuário tem que copiar e editar os arquivos antes que o software possa ser feito para executar.